Le blason de Courtois-sur-Yonne a été créé par une équipe communale et déposé aux Archives Départementales en octobre 1997.
Il symbolise les caractéristiques principales du village. Ses couleurs sont l'azur, représentant l'eau, et l'or, évoquant le soleil, deux sources de vie. En haut, deux anneaux entrelacés symbolisent l'harmonie et la solidarité des habitants.
La partie basse est traversée par une ligne sinueuse représentant le rû, petit ruisseau essentiel à la vie du village et qui le traverse. À gauche du rû, un cep de vigne rappelle l'importance historique de la viticulture en Bourgogne, autrefois essentielle pour l'économie locale, avec un vin exporté jusqu'à Paris et apprécié à la cour des Rois de France. À droite, deux arbres symbolisent la peupleraie, espace vert du village et lieu de rassemblement festif, ainsi qu'une source de revenus communaux périodiques.
